石室禅院位于文圃山三魁岭玳瑁山下，旧属漳州海澄。肇始于后唐同光三年（925）。元元统二年（1334），释晦庵重建梵宫殿宇，雕塑佛像，复起盖僧寮云房23间，有赀产田地30余石。明天顺八年（1464）重修。
禅院旧殿坐南朝北，依山面海，单檐硬山顶，殿门内收，两边门楣一书“兰若”一书“菩提”；两厢门楣则分题“水流花径”、“关松度云”。大殿两边的雕刻与绘画完全不一样，一反同形平衡旧习，打破单调、沉闷气氛，十分罕见。东边走廊斗拱雕饰飞天仙女，西边则雕刻印度大象，张口露牙，十分夸张。东边廊板浮雕夔龙，西边则雕镌花草。梁上彩画，东边为道教典故，西边则为佛教故事。大殿主梁，东边彩绘镶金，西边则全用金色描画。殿后山坡有两株菩提树，与殿前两株玉兰树两两相对，羽盖成阴，绿意婆娑，更加增添禅院的清香与幽静。
石室禅院周围尚有“高山天湖”、“试剑石”、“高山飞瀑”、“仙人足迹”、“观音崖”、“石旗石鼓”诸胜。
2001年，政府批拨土地25000平方米用于修建，并由政府批准建设规划，现正在建设之中。今禅院由释忠明住持。2000年成立慈善功德会，以“感恩、净心、惜福”为理念，以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨。举办各项社会公益事业。
禅院从04年开始，重修大雄宝殿、福寿楼、福慧楼、斋堂、讲堂、禅堂、云水堂、功德堂、琉璃宝塔、祈福钟殿、天王殿、钟楼、鼓楼、内外山门。使禅院将来成为一个集弘法、学修、慈善、旅游为一体的综合性寺院。
琉璃宝塔
2005年10月4日，在石室禅院药师专修法会期间，天空出现三道彩虹，一端凝聚成观世音菩萨圣像就在现琉璃塔所在的位置，久久方散去。在西方三圣与东方八大菩萨中都有观世音菩萨，往生东方净土和中品以上往生西方净土可见到观世音菩萨，修药师还是弥陀净土时有观世音菩萨显现。所以后来禅院在此修建琉璃宝塔。石室禅院琉璃宝塔又称观音功德堂，为六角宝塔，共七层。塔第一层主供千手观音菩萨、地藏王菩萨，并放置三宝弟子历代祖先功德牌位及祈福消灾的怨亲债主牌位。
禅院钟声
万福万寿和平钟，钟名由台湾佛教高僧界云法师题写，钟上铸有一万个不同写法的福字与寿字，这在世界上是独一无二的。每个钟重24吨，代表一年二十四个节气；钟高5米，喻意能听到钟声的地方一年四季风调雨顺、五谷丰登；钟的口径365厘米，代表撞钟时保佑大家一年365天，天天平安。2008年，本钟由世界吉尼斯组织的鉴定和测量，最后授予该钟为世界唯一一座“铸有不同字体吉祥字的青铜大钟”荣誉证书。
