从历史上看，佛教在西藏地区的扎根发展大致经历了两个阶段，即初传阶段，也被称为前弘期；之后属于后弘期，又分为后弘前期与后弘后期即半独立时期和完全独立期。
前弘期的藏传佛教
佛教传入西藏之前，雪域高原的古代藏族人民信奉一种名叫“苯教”的原始宗教，并分白苯、黑苯和花苯三个分支，其基本理论是“万物有灵”，崇拜天地、山水等自然神灵；在具体行为上则重祭祀、跳神、占卜、禳解等。大约在公元5世纪左右，佛教开始从汉地和印度这两条途径传入西藏，并在与苯教的长期斗争中进一步与之融合，最后形成了独具特色的西藏佛教或藏传佛教，一般称为喇嘛教。
确切地说，初传阶段的佛教起于7世纪的松赞干布而终于朗达玛灭佛，历时两个世纪，因处于历史上的吐蕃王朝时期，故被称为吐蕃佛教。而松赞干布之前传入的佛教因藏文字尚未出现以及当地苯教文化的排斥，一直未传播开来。这一时期，随着吐蕃王朝的发展与强大，各种社会因素已摆脱了较为原始的本土宗教与文化，而佛教文化的传入则成为这一时期世俗王权巩固统治的必需。在这一大的历史背景下，松赞干布不断派遣贵族子弟去印度与内地学习先进文化，佛教在这一时期正式传入西藏，藏文字也被创造出来。
在松赞干布之后几代赞普的扶持下，佛教影响力逐渐超越苯教，并逐渐被抬至统治地位。这一时期，印度的寂护大师和莲花生大师被请来传法，藏地历史上出现了第一座寺院——桑耶寺，第一个僧伽组织也在此间建立。与此同时，赞普王权为佛教壮大不断提供政策支持，佛教的发展环境更为宽松，吐蕃地区佛教信仰开始普及，僧人也被允许参与世俗政治。而僧人地位的提高、寺院经济的发展，也大大削弱了贵族阶层的地位和权利，并危及吐蕃王朝的发展，更加重了百姓的负担，这就为佛教的后续发展埋下了隐患。在这一大背景下，当权的贵族发动政治斗争，夺取政权并迫害支持佛教的权利群体，并以苯教为文化阵地对佛教展开了清剿运动。尤其是朗达玛政权开展的灭佛运动，直接导致佛教在西藏中部地区百余年的中断，更使西藏陷于四分五裂的乱局。
这一时期佛教基本上是统治阶层的御用工具。由于此时的佛教传播限于统治阶层内部，其传播发展、寺院建设以及僧侣的供养，均有王室帮扶支持，尚无僧人自己修建的正规寺院，所以又被称为“王室佛教”。
藏传佛教后弘期之探索阶段
朗达玛灭佛运动之后，佛教又从上部阿里地区和下部多康地区向西藏中部地区传播，随着阿底峡的进藏传法，创立噶当派，相继出现了各种不同的宗教派别和学派。这一时期虽然寺院仍处于贵族的扶持阶段而缺乏独立性，但佛经翻译与对经典的阐释却处于活跃期，因而促使西藏民族文化进入了一个高峰。但这一时期佛教的发展也给自己带来危机，主要是由于当时管理混乱、组织涣散，部分人把对佛教密法的修持当成身份和时尚的象征。这一阶段也被称为佛教在西藏的探索阶段，因而又被称为“后弘期前期”。
佛教在朗达玛灭佛运动一百余年后再度进入复兴时期，即后弘期。此间出现了西部阿里的古格王、大翻译经师仁青桑波、阿底峡、鲁梅等10人，把佛教推进到一个新的活跃期。尤其是在阿里地区，佛教徒到处建立寺院并翻译大量佛经。古格王为了统一政权，缓和地区矛盾，以僧王的身份扶持佛教发展。佛教也适应了当时战乱之后百姓的心理需要，在寺院经济不断壮大的同时，逐渐形成不同的体系，进而相继出现了以地方经济势力为中心的宗教学派。而各种教派又与不同政治势力互相依持，形成了以教派或寺院为中心的权力集团。权力集团控制教派或寺院，集政教大权于一身，既巩固了自己在社会中的群众基础，同时又增强了其统治的合法化。
这一时期，各宗派相继创立了自己的理论体系，建立了强大的寺院集团，使寺院成为文化传播中心。尤其是显教方面吸收了印度中观学派和唯识学派的哲学思想，在译经的过程中加以论述、发展而形成了各自独立的思想体系，出现了大批极具学术价值的论著，代表了藏民族哲学思维的新水平。随着佛教教义深入当地群众的日常生活，藏传佛教日渐成为藏民族的主流文化意识，进而从各个方面推动了藏民族地区经济、文化等的全面发展。在此基础上，寺院经济的独立性日渐增强，基本不再像吐蕃时期那样完全依赖世俗王权，而是以僧人建寺、群众供养为特色。但这一时期，僧人、寺院的管理尚未形成制度因而处于散乱状态，在佛教理论方面也没有统一的指导思想，严格的学经制度尚未形成，因此佛教自身理论方面的发展还处于探讨阶段，因而被称为“后弘期前期”。
自14世纪末开始，藏传佛教的发展进入后弘期之完全独立阶段。
从15世纪初开始，宗喀巴创立了格鲁派并积极推行了宗教改革。如，针对当时社会需要与佛教内部的混乱现象，建立了比较严格的僧伽制度，并制定了严密的条规戒律，从而形成了独立于世俗社会的寺院经济，促使寺院独立于世俗政权，甚至在一定程度上左右王权，政教合一的统治制度初现雏形。而佛教内部对佛教文化的弘扬与传承，则开始从过去的百家争鸣状态走向一家独尊，思想开始趋于保守，此间形成的学经制度一直延续到现在。而佛教也在藏族社会扎根生长，并逐渐形成独具特色的藏传佛教。
宗喀巴创立格鲁派标志着藏传佛教的完全独立。1409年，在帕竹家族的支持下，宗喀巴在拉萨大昭寺举行了祈愿大法会，会后建立了甘丹寺，并以此为道场，招徒授法，创立了格鲁派。此后，其弟子相继建立了哲蚌寺、色拉寺以及扎什伦布寺等大型寺院，内部组织日趋健全，学经渐成定制，理论体系也更加完善。在经过与其他势力的教派多次激烈较量之后，逐渐占据优势，到五世达赖喇嘛时期居于领袖地位，形成了独立的寺院庄园制经济形式。到七世达赖喇嘛时，完成了“政教合一”的管理体制，设置了达赖喇嘛领导下的噶厦地方政府，僧人尤其是高级僧人拥有特权，寺院从吐蕃时期的国家寺院到半独立时期僧俗共有的寺院，进而发展成为僧人独有的寺院，并最终成为三大领主之一。因此，有学者称这一时期为僧侣专权时代。
从内容上看，宗喀巴的宗教改革是对佛教自身思想体系的梳理与提炼。从形式上看，此次改革毋宁说是对当时宗教界的整顿。一方面，他选择“中观应成派”中的“缘起性空”为统一的理论来指导实践，形成了戒、定、慧三学并重的佛学思想体系；另一方面，提倡强化戒律，这对当时社会安定、纯洁佛教队伍并促进社会发展无疑具有重大的积极作用。当然，在这一过程中还出现了许多问题。如宗教改革中的个别条款成了寺院和僧侣聚集财产的主要手段和理由，并强化了民众对僧人的崇拜；高级僧人进一步被神化，他们启用过的器具则被视为圣物，供人顶礼膜拜，使他们对寺院的继承合法化。这一时期佛教发展的另一个特色是形成了以达赖、班禅为中心的活佛转世制度，每个寺院都有数名活佛。
独立后的佛教，则以高姿态凌驾于世俗社会之上，格鲁派僧人的最高领袖达赖喇嘛集政教大权于一身，实行高度集权统治，从上到下建立了一套以僧侣为中心的统治制度，而其他教派则基本被置于格鲁派的管辖之下。大寺院成了相对独立的经济实体，而寺院内则建立以大活佛为首的各级管理组织，根据寺院规模的大小分别设有修习显教、密法、医药、天文、舞蹈、工艺等学院，下设以地方区域为主的康村，如色拉、哲蚌、甘丹等寺院。寺院内部纪律严明、制度健全，每一班级都有规定的修习课程，且须通过辩论考试升级，授予不同的学位。被称为最高的“拉热巴”格西学位是在一年一度的拉萨祈愿大法会上通过辩经获得。而在习经方法上，以靠师傅传授为主，形成了格鲁派独特的教育体系，佛教教育日趋经院化，其理论阵地限于寺院之内，僧人在“缘起性空”理论框架下探讨佛教理论，而缺少创造性。
总体而言，佛教最初作为藏族地区的一种外来文化，在不断融入藏族区域文化并逐渐成为该地区主流文化的过程中，其社会作用主要是正面的、积极的。藏传佛教对于藏族地区的民族团结与社会整合起到了积极的凝合作用，同时，也是藏区地域文化与外来文化交流以及民族融合的桥梁和纽带。直至今天，藏传佛教一直是民族融合与交流的文化桥梁。
